ارزیابی عملکرد روشهایBoosting و بیز A در چالش‌های مختلف معماری ژنومی صفات گسسته و پیوسته
نویسنده
چکیده مقاله:
سابقه و هدف: گزینش ژنومی چالشی امید بخش برای کشف رموز ژنتیکی صفات کمی و کیفی به منظور بهبود رشد ژنتیکی و صحت پیش بینی ژنومی در اصلاح دام می‌باشد .در این پژوهش، عملکرد روشهای Boosting و بیز A در برآورد ارزش‌های اصلاحی ژنومی صفات آستانه‌ای دودویی و پیوسته در تراکم مختلف نشانگری با استفاده از معماری‌های مختلف ژنومی مورد بررسی قرار گرفت. مواد و روش‌ها: داده‌های ژنومی از طریق نرم افزار QMSim با سطوح متفاوت وراثت پذیری (1/0 و 3/0)، سطوح مختلف LD (کم و زیاد)، تراکم‌های متفاوت جایگاه‌های صفات کمی (150 و 450) و تراکم مختلف نشانگری (K10 و k 50) برای تعداد 30 کروموزم شبیه سازی شدند. جهت ایجاد فنوتیپ آستانه‌ای دودویی در مجموعه مرجع، افراد هر نسل بر اساس فنوتیپ پیوسته در خروجی QMSim رتبه بندی شدند، سپس فنوتیپ آستانه‌ای افراد، وابسته به میانگین جمعیت شبیه سازی شده به ترتیب کد صفر (پایین‌تر از میانگین صفت) و کد یک (بالاتر از میانگین صفت) در نظرگرفته شد. در نهایت، ارزش‌های اصلاحی ژنومی با استفاده از روشهای Boosting و بیز A محاسبه و جهت ارزیابی صحت ژنومی صفات آستانه‌ای و پیوسته، مورد استفاده قرار گرفتند. نتایج: روش Boosting دامنه گسترده‌ای از صحت ژنومی در مقایسه با روش بیز A با تغییرات تراکم نشانگرها نشان داد. روش Boosting در مقایسه با روش بیز آستانه‌ای A به ترتیب افزایشی 3/6 و 3/7 درصدی در صحت ژنومی صفات آستانه‌ای برای تراکم‌های نشانگری k10 و k50 نشان داد. عملکرد بیز A برای صفات با توزیع فنوتیپی پیوسته به طور قابل توجهی بیشتر از روش Boosting بود، خصوصا هنگامی که سناریوهای با تراکم نشانگری پایین استفاده شدند. ساختار معماری ژنومی از جمله وراثت پذیری، تعداد QTL و LD از فاکتورهای موثر بر صحت ژنومی روشهای بیز و Boosting بودند. در این راستا نقش وراثت پذیری بر عملکرد هریک از این روش‌ها مشهودتر بود. در مجموع، صحت‌های ژنومی روش بیز برای نوسانات تعداد QTL و روش Boosting برای نوسانات سطوح LD، حساسیت بیشتری نشان دادند. در تراکم بالای نشانگرها و برای صفات با فنوتیپ آستانه‌ای، بیشترین و کمترین میزان صحت ژنومی به ترتیب برای روش Boosting (598/0) و بیز آستانه‌ای A (510/0) هنگامی بود که تعداد بالای QTL وجود داشت. برای صفات پیوسته، بیشترین و کمترین میزان صحت ژنومی به ترتیب برای روش بیز A (702/0) و Boosting (569/0) در تعداد QTL پایین مشاهده شد. اثر مثبت افزایش LD بر صحت ژنومی روشهای Boosting و بیز Aدر سناریوهای با تراکم نشانگر پایین نسبت به سناریوهای با تراکم نشانگری بالا مشهودتر بود. نتیجه‌گیری: روند کلی نتایج این تحقیق نشان داد که روش Boosting در ارزیابی ژنومی صفات آستانه‌ای و روش بیز A در ارزیابی صفات پیوسته بهترین عملکرد را نشان می‌دهند.
منابع مشابه
صحت روشهای مختلف بیزی در ارزیابی ژنومی صفات آستانه‌ای با معماری ژنتیکی متفاوت
چکیده سابقه و هدف: انتخاب ژنومی که نوعی انتخاب به کمک نشانگرهای ژنتیکی می‌باشد، اثر همه نشانگرهای ژنتیکی پراکنده در سرتاسر ژنوم را به‌طور هم‌زمان برآورد می‌کند. درنتیجه انتخاب ژنومی به‌طور بالقوه توانایی توجیه همه واریانس ژنتیکی صفت را دارد. اساس کار در انتخاب ژنومی عدم تعادل پیوستگی بین نشانگر و جایگاه صفات کمی می‌باشد. با توجه به کمتر مورد توجه قرار گرفتن ارزیابی ژنومی صفات دارای توزیع فنوتیپ...
متن کاملDegenerate Four Wave Mixing in Photonic Crystal Fibers
In this study, Four Wave Mixing (FWM) characteristics in photonic crystal fibers are investigated. The effect of channel spacing, phase mismatching, and fiber length on FWM efficiency have been studied. The variation of idler frequency which obtained by this technique with pumping and signal wavelengths has been discussed. The effect of fiber dispersion has been taken into account; we obtain th...
متن کاملتاثیر نرخ شیوع بیماری در جمعیت مرجع بر عملکرد روش های جنگل تصادفی و بیز آستانه ای A
هدف از تحقیق حاضر، بررسی نقش نرخ شیوع بیماری در جمعیت مرجع و معماری‌های مختلف ژنومی بر عملکرد روش جنگل تصادفی و بیز A در صفات آستانه‌ای بود. بدین منظور، جمعیت‌های ژنومی برای سطوح متفاوت وراثت‌پذیری (05/0 و 25/0)، سطوح مختلف LD (پایین و بالا) و تعداد متفاوت جایگاه‌های صفات کمی (150 و 600) بر روی 30 کروموزم شبیه‌سازی شدند. جهت ایجاد فنوتیپ دودویی با نسبت‌های مختلف شیوع بیماری، ابتدا برای 5 درصد ح...
متن کاملارزیابی ژنومی صفات آستانه ای با معماری های ژنتیکی متفاوت با استفاده از روشهای بیزی
The current study was carried out to evaluate accuracy of some Bayesian methods for genomic breeding values prediction for threshold traits with different types of genetic architecture based on distribution of gene effect and QTL numbers. A genome consisted of 3 chromosomes of 100 CM with 2000 single nucleotide polymorphisms (SNP) was simulated. The QTL numbers were 0.01, 0.05 and 0.1 of total ...
متن کاملارزیابی صحت پیش‌بینی ژنومی در معماری‌های مختلف ژنومی صفات کمی و آستانه‌ای با جانهی داده‌های ژنومی شبیه‌سازی‌شده، توسط روش جنگل تصادفی
Genomic selection is a promising challenge for discovering genetic variants influencing quantitative and threshold traits for improving the genetic gain and accuracy of genomic prediction in animal breeding. Since a proportion of genotypes are generally uncalled, therefore, prediction of genomic accuracy requires imputation of missing genotypes. The objectives of this study were (1) to quantify...
متن کاملمقایسة قابلیت معیارهای پیوسته و گسسته در ارزیابی تکه تکه شدگی سیمای اراضی جنگلی گرگان
بومشناسی سیمای سرزمین عمدتاً مبتنی بر الگوی لکه، راهرو و پسزمینه است. اگرچه این الگو در مطالعات بومشناسی سیمای سرزمین بسیار کارآمد و موفق عمل کرده است، اما عقیده بر این است که این الگو نمیتواند نمایش صحیحی از ناهمگنی پیوسته ارائه دهد. همین عامل موجب شده تا برخی از محققین این رشته در پی یافتن شاخصهای جدیدی باشند که به وسیله آن‌ها بتوان سیمای سرزمین را در چارچوبی پیوسته مورد تجزیه و تحلیل قرا...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
عنوان ژورنال
دوره 7 شماره 1
صفحات 105- 120
تاریخ انتشار 2019-05-22
با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.
کلمات کلیدی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023